В экологическом отношении состояние ложа водохранилища Саяно-Шушенской ГЭС оценивается как опасное. В пробах грунта отмечается содержание элементов 1 класса опасности от 1.5-2 до 9 ПДК, 2 класса опасности — от 2 до 35 ПДК, 3 класса — до 2 ПДК. Заболеваемость населения прибрежных районов гельминтозами превышает среднероссийскую в 3-14 раз. Появились болезни, которые ранее вообще здесь не отмечались. Таковы результаты исследования, проведенного Тувинским институтом комплексного освоения природных ресурсов СО РАН.